从目前来看，国家自主创新示范区具有以下6大功能：
1。开展股权激励试点
2。深化科技金融改革创新试点
3。国家科技重大专项项目（课题）经费中按规定核定间接费用
4。支持新型产业组织参与国家重大科技项目
5。实施支持创新企业的税收政策
6。组织编制发展规划
完善科技创新的体制机制，加快发展战略性新兴产业，推进创新驱动发展，加快转变经济发展方式……有了目前14个成员带头引领，共同发力，国家自主创新示范区已经形成由北至南、由东向西的创新引擎多点“辐射”态势，有力支撑了中国创新发展的战略大布局。
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