在上世纪90年代，哈尔滨船舶工程学院更名为哈尔滨工程大学。1996年9月，杨东奇任哈尔滨工程大学党委办公室主任。1997年4月，他任哈尔滨工程大学党委书记助理兼党委办公室主任。1999年8月，他出任哈尔滨工程大学党委副书记、副校长。
2001年2月，杨东奇离开哈尔滨工程大学，出任黑龙江省委组织部副部长。2004年5月，他出任黑龙江省大兴安岭地委副书记、行署专员、林管局局长。2005年11月，任黑龙江省委副秘书长、办公厅主任。
2011年8月，杨东奇任黑龙江省委秘书长、办公厅主任，后于2012年4月跻身黑龙江省委常委行列。据中国经济网发布的简历显示，2014年1月，杨东奇任黑龙江省委常委、政法委书记。
