2004-05赛季和2005-06赛季，经历了新老交替阵痛的山东队均未能闯进当年的季后赛，只获得联赛的第12名。这样的成绩对于之前习惯了作为四强常客的俱乐部领导和球迷们，自然是不满意的。巩晓彬所做的只能是等待，等待着这批球员尽快变得成熟。
2006-07赛季开始前的外援选秀摘牌中，巩晓彬慧眼识珠，挑中了可以兼打4号位和5号位、脚步灵活射程覆盖面大的外援拉米扎纳，加上老外援图科，组成了职业化以来山东最强外援组合。再辅以已经成长起来的国内球员，山东队连续两年取得联赛第5名，爬出了低谷。
在此期间，巩晓彬的执教能力获得了肯定。2007年和2008年，他连续两次入选国家队教练组。在CBA中，他也多次入围全明星赛，担任过全明星赛北方队助理教练和新锐赛教练。
不过到了2009-10赛季，因为种种原因，山东队这一年只名列联赛第9名，无缘季后赛。赛季结束后，巩晓彬于2010年4月20日提出了辞职，这样他就结束了自己在山东队的第一段主教练生涯，为期7年。
2010-11赛季，山东队改由前NBA教头鲍勃-维斯带队。尽管这位外教名头很大，但无奈他在驾驭球员方面能力有所欠缺。巩晓彬出走的后遗症，在整个备战期就尽显无遗——过去巩晓彬在时，球员们人人归心都能自觉的认真训练；而换了鲍勃-维斯之后显得人心不齐，光是处理球队内部事务就花费了大量的精力。
这样的山东队自然与优异成绩有缘无份，这个赛季山东队战绩继续下滑，只取得联赛第11名。鲍勃-维斯也迎来了与山东史上第一位洋帅——2000-01赛季的利马斯同样的命运，执教归于失败而黯然下课。2011年6月27日，巩晓彬时隔14个月重新上任，再次成为山东队主教练。
巩晓彬归队后的第一堂训练课就收到了明显的效果。当昔日的“老大”再度出现在主教练位置上时，尽管没有任何领导前来压阵，但往日的喧嚣消失了，球员们在力量房中默默地做着训练，很快就浑身大汗淋漓。
巩晓彬回归的第一个赛季，并没有遏止住球队的下滑势头，山东队仅获得联赛第13名。不过这也为他们来年的一展雄风打下了伏笔，因为他们就此获得了新赛季的亚洲外援名额。
2012-13赛季，同时拥有杰特、阿巴斯、弗罗曼这三名外援的山东队，在巩晓彬的率领下扬眉吐气，开局就拿下了9连胜，刷新了球队曾在97-98赛季创下的历史最佳开局。
巩晓彬和他的弟子们，并未让纪录就此止步。从2013年1月2日到2月6日，山东队连战连捷，豪取队史最长的15连胜，坐稳了常规赛第二名的宝座。如此强势的反弹，令众多媒体和球迷大跌眼镜，为这一结果所瞠目结舌。
优异的战绩让巩晓彬赢得了更多的人气和支持认可，在2013年的CBA全明星赛上，巩晓彬第一次成为了北区明星队的主教练。
尽管拥有三外援，尽管亚外阿巴斯一向表现神奇，但之前拥有阿巴斯的球队，最好成绩也不过是常规赛第4名。杰特和弗罗曼也并非联盟中个人能力拔尖的外援，山东队能够取得这样的成绩，与巩晓彬为首的制服组，关系密不可分。
山东队取得如此成绩，首先得益于巩晓彬敢于放权，做好内部分工。当时的山东队制服组除了巩晓彬之外，还有杨文海、鞠维松两名昔日队友辅佐，加上来自塞尔维亚的体能教练莱登。每每赛前，几位教练总是一起研究录像。日常训练工作交由莱登负责，巩晓彬则更多担任临场布阵和指挥应对，整个教练团队相处融洽、配合默契。
赛场上，山东队除了三外援之外，国内球员的发挥与贡献同样不容忽视。睢冉和陶汉林主要负责一内一外的重点人防守，李敬宇成为队内最稳定的三分投手，丁彦雨航的持球攻则分担外援面对的防守压力。可以说巩晓彬带队多年来，培养的新人收获了成果。
在获得常规赛亚军，并顺利通过季后赛首轮后，山东队在半决赛迎来了卫冕冠军北京队。这本是一场势均力敌的恶战，甚至更多人看好拥有马布里的北京队。但结果却再次出人意料，山东队连下三城，3-0横扫北京，历史性的杀进了总决赛。
山东队能够取得如此一边倒的辉煌战果，得益于巩晓彬赛前的针对性布置。面对北京的最强点马布里，巩晓彬制定了“以睢冉缠斗为主，其他队员伺机协防”的策略，最多程度消耗了老马的体能；同时针对北京内线的弱点，进行重点打击。卫冕冠军因此遭到了山东队的全面压制。
虽然在接下来的总决赛中，山东队一场未胜0-4负于广东队，但联赛亚军的成绩，已经是山东队进入CBA以来的历史战绩新高。联赛期间在山东队的主场，甚至有现场球迷打出了“巩晓彬，最佳教练非你莫属”的横幅为其点赞。
