水污染防治7省不属规划项目反获补助
财政管理审计情况发现，预算分配与专项规划衔接不够，有些专项规划之间也缺乏统筹协调。抽查18个省实施重点流域水污染防治“十二五”规划情况发现，地方在具体确定项目时，9个省纳入规划的1684个项目（占44%）未得到中央补助，而7个省不属于规划范围的2135个项目（相当于其规划项目数的63%）获得了补助。有些预算依据多个规划分配资金，这些规划目标要求不尽一致，不利于项目有序推进，如中央财政9个专项安排有高标准农田建设相关补助，预算分配依据的规划中仅全国性规划就有4个。
财政部为低执行率项目继续代编预算
财政管理绩效还需进一步提高。有的预算安排未充分考虑结转结余。财政部对连续两年执行率低于60%的可再生能源发展等3个项目继续代编预算10.06亿元，年底结转8.89亿元（占88%）；在国税系统管理等5个项目上年结转1.42亿元的情况下，又安排预算1.31亿元，年底结转增至1.96亿元。
部分关税和进出口环节税征缴入库不及时。由于海关、银行和国库未全面联网，实行纸质税单核销，滞压税款规模逐年增长，2015年有194.68亿元税款滞压15天以上。抽查23个关区发现，有281户企业应转为税款的保证金7.09亿元超期未转，平均超期38天，其中1070.71万元超期3个月。
□部门案例
环保部
下属单位重复申领1560万元
2015年，所属核与辐射安全中心采取重复申报基本建设项目有关费用的方式多申领预算资金1560万元；所属环境规划院在项目预算中编报并支出与项目无关的中国环境科学学会会费4万元。
交通部
所属单位违规收费2.5亿元
2012年至2015年，所属中国交通通信信息中心未经报批自行收费25184.31万元，其中2015年24263.9万元。
2015年，所属救助打捞局违规批准和组织下属3个救助局开展经营活动，取得收入16884.7万元。
2010年至2015年，所属通信中心下属公司在购买监理服务过程中，使用有关单位提供的假发票冲抵费用84.44万元。
