佛头差点被贼盗走
建国后，该组古建筑群曾长年被当地村委会作为小学校舍、仓库等使用，因一直缺乏维护，损坏日益严重。
如此珍贵的文物，却只能呆在村子里任由风侵雨蚀。艾楠介绍，2 0 0 9年之前，这座始建于隋唐时期的寺庙仅存门殿、东西配殿和大殿这几座主体建筑。虽然贵为济南市第一批重点文物保护单位，但这些建筑却破损严重。
在正殿中，保存有济南地区最大的单体石佛造像，高6米多。村民们介绍，在解放前后，兴国寺其它大殿里的佛像全被毁坏了，唯有这尊大佛一直安详地端坐在此，没有人能破坏得了它。这在村民们看来，这尊大佛充满了神秘不可侵犯的色彩。
2001年，100多个盗取文物者盯上了佛像的头。当时，他们爬进院墙来到大殿之中，用尽各种办法将佛首给卸了下来，可由于佛头重三四吨，小偷们折腾了半天也没弄得动。由于害怕惊扰了村民，只得放弃。很久之后，涉案的小偷因其他事情被警方抓获，从他们口中村民和警方才得知他们来过章丘盗取佛头。后来，村民们打开大殿，发现佛首滚落在地上，才请工匠重新把佛首镶上。
千年前砖瓦继续使用
2010年，济南市文物部门开始对兴国寺进行整修。在维修过程中，文物部门着重保护了兴国寺的原貌。对于瓦、砖、梁架、斗拱等材料决定继续使用。而对于破损严重的瓦件，尤其是勾头和滴水，通过翻模进行了原样复制，从而达到与以前构件样式的一致。也就是说，如今修缮完毕后，还有可能摸到一千年前的瓦呢。
很多探访过兴国寺的“驴友”都对寺中的大殿外槽墙体内部檐柱记忆犹新。经过解剖，考古人员发现大殿的檐柱原是使用了外形没有处理过的枣木，每个直径多达四五十厘米，保存良好，可以继续使用。“能够保存一千多年的木质品自然十分珍贵，对于它们，我们会尽可能保存。”艾楠表示。
正因为在保护过程中采取了上述措施，兴国寺保护工程才能最终入围全国十佳文物保护工程。
