而当时，随着济南社会经济发展，对于轨道交通的需求也越来越迫切。仅以2001年为例，当时全市GDP已达到1066.2亿元，市区人口达220万人、城区人口密度达到1896人/平方公里。济南机动车保有量也达到41万辆，并呈快速增加趋势。
按照“济南五年大变样”和加快城市化进程要求，1998年又重新启动济南市轨道交通工程。
1999年12月，省会规划委员会专家组专门针对济南市建设轨道交通必要性进行了专家论证。2000年，中共山东省委在鲁发【2000】17号文“关于加快城市化进程的意见”中明确要求：“济南尽快建设大容量的轨道交通设施”。中共济南市委济发【2000】1号文件“中共济南市委2000年工作要点中”要求做好市区高速轨道交通的前期准备，同年济南市人大会议上也要求尽快建设轨道交通。
2000年2月，省会规划委员会三届二次会议审议2000年城市建设项目时提出：随着城市人口、用地规模和社会经济的增长，规划建设轨道交通是必要的。
当年3月，按照省委和市委要求，济南市公用事业管理局成立了济南市轨道交通筹建处，着手轨道交通建设前期工作。
轨道交通筹建处委托北京市城建设计研究院编制了《济南市城市快速轨道交通线网规划》第一阶段研究报告。2000年10月21日—23日，建设部、中国国际工程咨询公司邀请全国知名专家评审了该报告，最终确定A方案为线网构架基本方案，这套方案由4条线组成，分别为东西线、南北线、旅游线和支线，线网规模按93至108公里控制。
2001年，济南委托北京城市规划设计院编制了《济南市城市轨道交通一号线可行性研究客流预测报告》，并于2001年9月经过了国内专家评审。2001年委托北京市城建设计研究院编制了《济南市轨道交通1号线一期工程预可行性研究报告》和《济南市轨道交通1号线一期工程项目建议书》，并经省建设厅批复由市计委转报省计委。这次确定1号线由大金庄到甸柳庄，其中市区拟建3.55公里长的地下段，即城市中心区为地下线，其余为高架。
这计划修建在市中心区的3.55公里地下段，也就是被外界称为济南要修建“地铁”的一部分。
工程因泉被搁置，进行“充分论证和规划”
事实上，当时济南的保泉之路也在曲折进行中。
截至2001年8月14日，趵突泉已停喷890天，引起全市关注。2001年8月15日，《济南时报》头条登出：《书记言辞恳切——— 名泉复涌，谁有高招？》3天后，一封热情洋溢的回信和2万字简明报告寄到市委书记办公室。写这封信的人正是已沉默多年的保泉专家商广宇。
针对地下段如何建设，轨道交通筹建处收集了城区自来水公司井地质资料、泉城路附近部分高层建筑的地质勘探资料。2001年，在泉城路改造时，济南委托山东地矿工程勘察院(801队)在东西长1.5公里的区域又进行了补充勘察，对地下段与泉水关系进行初步研究。
2002年9月，省市政府邀请六位院士来到济南，针对轨道交通(地铁)建设与地下水保护问题进行咨询。院士们听取了情况介绍，实地考察了规划的轻轨1号线运行线路，在省市负责人出席的咨询会上发表了意见。
山东省水文局研究员商广宇也参加了那场较高规格的论证会，他手中至今还保留着一份六院士发言的整理材料。
卢耀如院士认为“再让名泉长期断流，将成为千古罪人”，不赞成把地铁修到泉底下，因为泉水通道一旦破坏，是无法恢复的。张宗祜院士认为，利用地下空间是发展方向，但地质条件好坏是利用关键，地层岩性及空间分布、地下水动态，要提前搞清楚，建地铁要避开泉水集中出露地段。
“前期工作做好，地铁、保泉兼顾。”施仲衡院士认为，对泉水影响还要深入研究，如果处理得当，影响不大。刘建航院士建议，济南修地铁不能操之过急，在水文地质工程地质方面先有个正确认识，准备工作还要深入，要保泉，对水文地质要有充分了解，“用高架方式过古城区不一定合适”。
王梦恕院士建议“修地铁要尽量不破坏泉水集中出露区”，认为济南“仅画了3条选线，不具备讨论条件”。周干峙院士认为“修地铁应早筹备，但不可急于求成”，泉要保，再进一步做工程地质方面研究。
在这个高规格的论证会上，专家们也很谨慎，并没有得出决定性结论，还有人建议“不可急于求成”。“泉水毕竟是济南的灵魂，谁也不敢轻易做出决定。”商广宇说。
之后，在保泉等各种因素考虑下，济南轨道交通工程又被搁置下来进行“充分论证和规划”。在2002年底至2003年初之间，轨道交通筹建处工作人员被通知“暂缓进行”，机构撤销。2003年7月，一直主导承担轨道交通建设的济南市公用事业管理局摘牌，和市城市管理局、市热电总公司一起合并组建了济南市市政公用事业局。
经历着与泉水邂逅的波折，济南轨道交通建设沉稳起航。2013年3月，济南轨道交通“一横两纵”近期建设规划被上报审批。目前，该规划仍在等待国务院审批，项目安全预评价、水土保持方案、防洪方案、电磁辐射环境影响评价也同步进行，济南轨道交通有条不紊进入实质操作阶段，有望年内实现轨道交通试验段开工建设。
开往泉城的轨道交通带着希望、期盼快速前行。
【出现转机】
2004年：泉水复涌后政府规划频现轨道交通
对于很多济南人来说，2003年是难忘的一年。这一年，发生了件让泉城人振奋的事儿———泉水复涌了。
2003年9月6日，停喷时间最长一次达926天的“天下第一泉”趵突泉欢流畅涌；9月16日，在济南72名泉中名列第二的章丘百脉泉，喷珠溅玉。至此，济南市区趵突泉泉群、五龙潭泉群、珍珠泉群、黑虎泉群和市郊的百脉泉群、玉河泉群、灵岩泉群、平阴泉群、涌泉泉群等9大泉群全部喷涌。
在这种背景下，两次中途“搁浅”的济南市轨道交通工程也开始有了“松动”迹象。
2004年12月，《济南市城市总体规划(2005年—2020年)纲要》编制完成。其中确定了统筹发展区域交通基础设施和优先发展大容量公共交通系统的思路，提出“以BRT结合轨道交通发展快速公共交通的战略，符合济南市东西带状城市布局特点和当前及未来的发展需求”。
而当年全省建设工作会议上也传来消息：济南酝酿已久的轨道交通规划建设将在年内启动。
在之后几年中，轨道交通没有正式揭开神秘面纱，但在政府不同规划中，多次出现身影。
【触及实质】
2009年：与设计院签技术咨询合同
2007年，在向社会公示的济南西客站片区控制性详细规划方案规划要点中，列出了1号和6号两条轻轨交通线路。当年10月，市规划局表示将尽快启动轨道交通线网的专项规划编制。
2008年，又一消息传来，济南轨道交通规划最快有望在年内启动，根据前期拟订的方案，济南市将出现6条轻轨。
在山东省将构建以济南为核心的省会城市经济圈背景下，2009年，济南轨道交通规划开始进入实质性阶段。年初，济南市政府确定成立济南市城市轨道交通规划建设工作领导小组。市长和几位副市长分任组长、副组长。
同年6月20日，济南市与北京城建设计研究总院签订轨道交通规划技术咨询合同，标志着济南市轨道交通建设工作正式启动。签约仪式上，市政府主要领导为轨道交通建设提出3点建议：保泉、考虑城际列车建设、做好与西客站地铁线衔接。
2011年市两会上，在与人大代表面对面答复中，济南市规划局相关人士表示，目前济南市正在开展轨道交通相关编制工作，“轨道交通线网规划已基本完成，根据规划，济南市规划建设7条轨道交通线路，其中，经十路轨道交通规划采用浅埋式地铁的方式”。
【正式启动】
2013年：轨道交通R线建设启动
2012年2月，《济南市轨道交通线网规划》已通过专家评审论证，根据初步计划，济南将实行地铁和轻轨相结合的模式，客流量大的区域建地铁。
其实，为摸清修建轨道交通地铁对泉水影响，早在2009年，济南市就启动了“轨道交通对泉水影响研究招标”。2010年3月，山东省地矿工程勘察院完成了《济南市轨道交通建设对泉水影响研究报告》。山东省地矿局总工程师徐军祥是报告主要负责人，他介绍，研究人员将济南核心区主要交通干线的轨道交通适宜性划分成适宜、较适宜及不适宜路段，如泺源大街一线不适宜地铁建设。总体来说，经过实地勘察，不少专家认为，只要地铁线避开含水层，不会破坏泉脉。
2013年1月8日下午，省政府听取济南市城市轨道交通前期工作情况汇报。与会领导认为，济南建设轨道交通系统是解决城市交通问题的必然选择。同时，济南建城市轨道交通要慎之又慎、安全第一，确保泉水保护万无一失。这也标志着济南轨道交通规划正式启动。
同年12月29日，对济南轨道交通建设进程有着里程碑式的意义。“济南市轨道交通R线建设启动！”在济南市轨道交通R线建设启动仪式上，市委书记王敏这句话，拉开了济南轨道交通时代大幕，济南将建R1、R2、R3这3条轨道交通线路，济南市民距离轨道交通又近了一步。
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