2012年《教育部、卫生部关于实施临床医学教育综合改革的若干意见》，提出“以强化医学生职业道德和临床实践能力为核心，深化五年制临床医学专业教育教学改革”，“要推进医学基础与临床课程整合，鼓励建立临床与基础相结合的教学团队，推进以学生自主学习为导向的教学方法改革，完善以能力为导向的形成性与终结性相结合的评定体系”。2008年教育部、卫生部印发的《本科医学教育标准——临床医学专业》，标准要求“医学院校应积极开展纵向或（和）横向综合的课程改革，将课程教学内容进行合理整合”，临床医学专业本科毕业生技能目标中明确提出“要有较强的临床思维能力”。齐鲁医药学院按照文件精神，结合学校实际，全面启动临床医学专业教学改革，并在2015、2016级临床医学五年制本科专业中率先成立教学改革实验班，优先推行了基础医学课程的教学改革——基础医学课程横向整合，提升医学生整体医学观和临床思维能力。
学校成立基础医学教学改革课题小组，首先对五年制临床医学基础医学课程中整合课程的选择、教学中存在的问题、师生需求等方面开展了调研和咨询，依据“有利于教学内容按器官系统整合”和“有利于医学生整体医学观及临床思维的养成”的原则，选定系统解剖学、组织学与胚胎学、生理学、病理学、病理生理学、药理学等6门课程为整合课程。整合课程以培养学生的临床思维能力为切入点，按照应用型本科培养规格和培养目标要求，制定基于人体“器官系统”为中心的基础医学课程整合方案，对整合课程的教学内容、教学方法、评价方式展开研究，并对整合课程的整合效果进行评估。
1、以临床思维能力培养为导向的基础医学课程整合
教学内容的整合。将原有6门基础医学课程的教学内容按照“颗粒化资源、系统化重构”原则，进行内容重组。即将原基础学科教学内容按照“知识点”碎片化，在此基础上，以临床能力培养为导向，以“器官系统”为中心，整合基础医学课程，重构系统化的教学内容，形成“一导论，九系统”模块化的课程体系，制定整合课程的课程标准，并编写校内配套教材11本。
教学方法的整合。改变传统的灌注式教学方法，推行“以学生为中心、以学生临床思维能力培养为导向”的教学，采用多种教学方法将临床案例应用在教学中，注重学习方法的传授，将目前大多数医学院校施行的临床早期见习形式进行优化，使其与基础医学整合课程的教学融为一体，一方面通过设计“设置疑问-寻求答案-基础临床结合”的环节，直接应用于教学中，另一方面选取适合的见习案例，将其与PBL或CBL教学案例设计相结合，通过课堂讲授、PBL及CBL等方式应用于整合课程的教学中。
考核评价方式的整合。在基础医学整合课程评价上采用形成性评价、终结性评价、综合性评价相结合的整合课程评价方式，突出形成性评价设计，加强综合性评价运用。在教学过程中突出形成性评价，强调教师即时反馈和讲解，将形成性评价贯穿整个教学活动中，培养学生自主学习能力、批判性思维能力和团队合作能力；在每门课程教学活动结束后，采用以综合性为主的终结性评价，增加综合性试题、案例试题的比例；参照临床执业医师分段考试模式，在全部基础医学整合课程学习结束后，开展学习效果综合性评价，考核学生综合运用知识的能力和临床到基础的整体诊疗思维能力。引导教师的教和学生的学转变到以能力培养为主上来。
2、基础医学课程整合的评估
一是组织专家对基础医学课程整合方案、组织实施、保障措施进行评估，保障课程整合工作科学、有序进行；二是在整合课程实施过程中和实施后，组织管理人员、督导专家、同行教师和试点班学生对整合课程的整合效果、课堂教学质量、学生学习效果进行评价，收集信息，综合分析用于改进与提高；三是通过基础医学整合课程综合性考核和临床执业医师基础阶段考核情况分析验证整合课程效果的有效性；四是设计临床思维评价量表，临床医师对试点班学生在后期见习、实习过程中综合运用知识和临床诊疗思维能力的考核进行评价。通过一系列的评价措施，验证基础医学课程整合效果的有效性。
通过基础医学课程整合和评价方式的改革，将学生临床思维能力的培养贯穿于基础医学课程整合方案的设计、教学内容整合、教学方法整合、评价方式整合的过程中，实现在医学基础课阶段强化对学生的临床思维能力的培养，解决医学基础课阶段学生临床思维能力培养欠缺，基础理论知识与临床专业实践脱节的问题，激发学生学习热情，提高学习效率，培养学生的整体系统观念、临床思维能力、自主学习能力、沟通表达能力和团队协作精神，提高医学生人才培养质量。